Чернігівська митниця ДФС є територіальним органом Державної фіскальної служби України, який підпорядковується Державній фіскальній службі України. Митниця забезпечує реалізацію повноважень ДФС у зоні своєї діяльності. Основними завданнями митниці є: забезпечення реалізації політики у сфері державної митної справи та боротьби з правопорушеннями під час застосування митного законодавства, здійснення в межах своїх повноважень контролю за надходженням до бюджетів та державних цільових фондів податків і зборів, митних та інших платежів.